Prende il nome da Celio, uno dei Sette Colli dell'antica Roma.
Comprende parte del colle Esquilino e parte del Celio ed in origine era ricoperto da grandi boschi di querce. La zona era sede di alcune ricche dimore patrizie inoltre ospitava alcuni edifici sacri di rilievo, fra cui il Tempio del Divo Claudio, eretto da Agrippina in memoria del marito.
Il successore di Claudio, Nerone, fece invece costruire un grande mercato, il Macellum Magnum, caratterizzato da un edificio a pianta circolare dotato di cupola che, secondo alcuni storici, avrebbe fornito il modello per la chiesa paleocristiana di Santo Stefano Rotondo, erettavi a poca distanza intorno al V secolo. Da una casa, appartenuta a papa Gregorio I, trasse origine nel VI secolo un’altra importante chiesa intitolata allo stesso pontefice, San Gregorio Magno appunto.
All’epoca di Pasquale I risale invece la fondazione di Santa Maria in Domnica, presso la quale esiste un bel portale sormontato da edicola firmato dal maestro Iacopo e da suo figlio Cosma, iniziatori, tra il XII e il XIII secolo, della famosa Scuola cosmatesca, che per due secoli operò a Roma creando raffinati capolavori di tarsia marmorea.
Per il resto, durante tutto il Medioevo e il Rinascimento, il rione mantenne il suo carattere agreste restando scarsamente popolato, e tale rimase anche in seguito, nonostante nell’Ottocento alcune speculazioni edilizie iniziassero a minacciarne l’armoniosa fisionomia campestre. La costituzione a parco pubblico dell’enorme giardino della Villa Celimontana bloccò tali tentativi, anche se gli interventi del 1931 per l’allargamento di via della Navicella, ove sorge appunto la Fontana della Navicella, ne mutarono parzialmente la natura.
E', ancora oggi, uno dei rioni più riparati dal traffico e meno popolati di Roma.